Edificata su progetto dell’architetto gesuita P. Natale Masuccio aveva la facciata di un’architettura magnifica tutta di marmo e di pietra intagliata.
Il suo interno si presentava spazioso e grande con più cappelle e, nel mezzo, si ergeva un’alta e magnifica cupola.
Il 31 settembre 1727, si aprì e benedisse pontificalmente da monsignor arcivescivo D. Giuseppe Migliaccio questo nuovo tempio del Collegio Primario dei Padri Gesuiti, “ed ormai erano scorsi quaranta anni dacchè si era dato principio alla fabbrica di esso”.
Fu eretto con le rendite lasciate da Giov. Battista Chinigò nobile messinese, il quale avea disposto di fondarsi altro collegio di studi sotto il titolo di S. Giovanni Battista nel piano di S. Giovanni Gerosolimitano. Ma essendosi già in quel luogo trasferito quello di S. Saverio, già nella contrada di Terranova, fu scelta questa come nuova sede.
Questa chiesa venne consacrata, il 29 agosto 1747, con solennissimo rito da monsignor De Moncada.
Nel mese di agosto 1778, venne dato un più stabile assetto all'azienda gesuitica, che dal dì della espulsione dè discepoli di Lojola era stata amministrata da un certo numero di ministri sotto il titolo di Giunta di Educazione. Fu aggregata quindi alla Regia Azienda, e considerata come altro ramo del regio patrimonio, potendosi i fondi e i poderi degli espulsi Gesuiti vendere ai maggiori offerenti, e darsi anche a censo. Le chiese furono affidate ai vescovi e quella di S. Giovanni Battista fu data all’arcivescovo della diocesi.
Il terremoto del 5 febbraio 1783 la privò del tetto con la cupola e del secondo ordine del prospetto.
La parte inferiore della facciata era quella che si vedeva dal lato della Via Università: in essa quattro smisurate colonne di marmo bianco siciliano fiancheggiavano in due gruppi un’alta porta, alla quale si accedeva per una gradinata semicircolare in marmo; sopra dell'architrave della stessa porta, in una tavola di marmo bianco, stava scolpito ad alto rilievo l’agnello ed il vessillo di S. Giovanni, scultura discreta.
Al posto del secondo ordine della chiesa, caduto a seguito del sisma, fu costruito un deforme fabbricato che servì a prolungare gli ambienti della biblioteca.
Nel 1866, a seguito delle leggi eversive e la conseguente soppressione delle corporazioni religiose, quello che rimaneva della magnifica chiesa fu espropriato dallo Stato e venduto a privati, che lo convertirono in magazzino di deposito per il legname.
Il disastroso terremoto del 1908, dalle foto pervenuteci, sembra non aver inferto danni irreparabili, quanto quelli del piccone demolitore che distrusse quanto la natura aveva risparmiato.
Nell’anno 2000, l’artistico portale è stato rimontato per intero nel giardino del Museo. | 
